Senin (20/9/2021), SMA Muhammadiyah 3 Yogyakarta mulai melaksanakan Penilaian Tengah Semester (PTS) semester ganjil tahun pelajaran 2021/2022. PTS  dilaksanakan mulai dari Senin, 20 September 2021 – Jum’at, 1 Oktober 2021. Tentunya masih di tengah masa pandemi Covid-19 ini, PTS dilaksanakan secara online. Aplikasi yang dipilih untuk pelaksanaan PTS online adalah CBT Moega. Aplikasi tersebut dipilih karena sangat praktis apabila digunakan sebagai media ujian karena dapat meneliti jawaban yang masuk sehingga nilai bisa langsung didapatkan. Pelaksanaan PTS online ini tentunya membutuhkan koordinasi yang baik, mulai dari panitia pelaksana PTS online, wali kelas,  orangtua siswa, dan tentunya siswa itu sendiri. Peran wali kelas sebagai penghubung informasi dari sekolah ke orangtua siswa sangat penting, karena informasi dari sekolah dapat sampai ke orangtua siswa dengan tepat apabila informasi yang disampaikan jelas. Informasi yang baik antara sekolah dan orangtua siswa akan berdampak juga dengan kesiapan siswa itu sendiri dalam mengerjakan PTS online tersebut. Tentunya segala bentuk sarana dan prasana yang mendukung pelaksanaan PTS online sudah disiapkan, sebagai contoh memastikan koneksi internet sekolah stabil sehingga tidak mengganggu jalannya PTS online tersebut. PTS online berjalan lancar sesuai dengan jadwal.