Kegiatan apel pagi pada Senin, 11 Mei 2026 dilaksanakan oleh siawa kelas X SMA Muhammadiyah 3 Yogyakarta di lapangan upacara kampus 3. Selaku petugas apel pagi ini adalah siswa kelas XE5 dengan pembina upacara bapak Arief Syarifuddin, M.Si. Dalam amanat yang diberikan pembina menyampaikan dan mengajak pada siswa jangan terjebak pada kegiatan yang toxic dimana kita sering terlibat pada situasi yang negatif, merusak, dan merugikan secara emosional maupun fisik kepada diri sendiri ataupun orang lain.  Arief Syarufuddin menegaskan bahwa sebagai siswa menghindari perilaku ini , karena membuat orang lain tidak nyaman, tertekan, atau merusak harga diri. Sebagai pelajar marilah fokus pada tugas kita sebagai pelajar yaitu belajar dengan baik dan menjaga martabat sekolah dan orang tua dengan prestasi yang membanggakan. 
Setelah acara upacara, dilanjutkan dengan pemberian apresiasi kepada siswa-siswa yang berprestasi dengan baik dalam bidang literasi dan dalam bidang social entrepreneurship. Diantara siswa yang beprestasi tersebut diantaranya:  Juara membuat komik atas nama Zizi  Zia kelas  XE4 dan Maulida Hafizah H kelas XE6. Kemudian juara mendiskripsikan satwa endemik atas nama   Fatia Galuh kelas  X E2 dan juara membuat Cerpen kenangan bersama guru  atas nama Regina Chandra XE6. 
Kemudian  juga disampaikan penghargaan ini didasarkan hasil penilaian dalam kegiatan Marketday dan Sosial yang sudah dilaksanakan oleh kelas masing-masing. Penghargaan ini hanya diambil 3 peringkat disetiap angkatan.Berikut daftar kelas yang mendapatkan penghargaan dalam kegiatan SE 2025/2026 yang hadiahnya diberikan langsung oleh kepala sekolah Fitri Sari Sukmawati, M.Pd:
KELAS X
1. Peringkat 1 : XE6
2. Peringkat 2 : XE2
3. Peringkat 3 : XE7

KELAS XI
1. Peringkat 1 : XIF1
2. Peringkat 2 : XIF5
3. Peringkat 3 : XIF3
KELAS XII 
1. Peringkat 1 : XII F3
2. Peringkat 2 : XII F4
3. Peringkat 3 : XII F2
Demikian kegiatan Apel pagi pada senin 11 Mei 2026 yang dilaksanakan dengan baik dan dalam suasana penuh kegembiraan.