Kegiatan keputrian merupakan kegiatan rutin yang dilakukan di SMA Muhammadiyah 3 Yogyakarta. Kegiatan ini merupakan kegiatan untuk meningkatkan keimanan dan ketaqwaan murid putri yang sedang berhalangan sholat. Pada hari Jumat,  murid putri yang berhalangan  sholat akan dikumpulkan di Mushola untuk mengikiti kajian keputrian.

Pada Jumat, 8 Agustus 2025 guru yang bertugas mendampingi kajian keputrian adalah Yuli Astuti, M.Pd.  Tema yang diambil adalah mengingat kembali kesholihan para Rasul serta mukzijat yang diterima oleh masing masing Rasul. Tema ini disampaikan agar murid mengingat dan memahami  kesabaran para Rasul dalam memegang tugas dakwahnya di muka bumi dalam memegang agama Allah.