Upacara Penegakan Kedaulatan Negara diperingati setiap 1 Maret untuk mengenang peristiwa Serangan Umum 1 Maret 1949, yang membuktikan eksistensi Indonesia kepada dunia.  Upacara  ini dilaksanakan di SMA Muhammadiyah 3 Yogyakarta dengan melibatkan siswa dan GTK. Selain untuk bertujuan memupuk rasa nasionalisme dan  patriotisme, kegiatan ini bertujuan untuk mempupuk kesadaran akan sejarah perjuangan mempertahankan kedaulatan NKRI.  Setiap siswa dan GTK wajib tahu bahwa peristiwa serangan ini digagas oleh Sri Sultan Hamengku Buwono IX dan dilaksanakan atas instruksi Panglima Besar Jenderal Soedirman.  Pelaksanaan serangan sendiri  Pasukan TNI yang dipimpin oleh Letkol Soeharto berhasil menguasai Yogyakarta (ibu kota saat itu) selama 6 jam mulai pukul 06.00 pagi. . Peristiwa ini menjadi bukti krusial kepada dunia internasional bahwa eksistensi dan kedaulatan Republik Indonesia masih berdiri kokoh.

Upacara dimulai pukul 07.00 tepat. Hadir sebagai pembina Upacara beliau kepala sekolah Fitri Sari Sukmwati, M.Pd   dengan membacakan sambutan Gubernur DIY Sri Sultan Hamengkubuwono ke- 10.  Selain itu Fitri Sari Sukmawati, juga memberikan motivasi bahwa GTK  dan seluruh siswa SMA Muhammadiyah 3 Yogyakarta harus saling kompak, tidak mudah terprovokasi untuk menjaga kedaulatan sekolah dan tentunya kedaulatan negara. Dengan penuh hikmad seluruh peserta ucapara mendengarkan amanah dengan seksama.   Semoga dengan kegiatan upacara ini  dapat menanamkan nilai-nilai kejuangan, rela berkorban, dan memperkuat persatuan serta kesatuan bangsa.