Gerakan Literasi SMA Muhammadiyah 3 Yogyakarta rutin dilaksanakan hari Senin pagi tiap dua minggu sekali. Kegiatan ini rutin dilaksanakan guna menumbuhkan sifat dan keterampilan gemar membaca pada siswa. Materi bacaan mengandung nilai-nilai moral yang disampaikan dalam bentuk kearifan lokal, nasional dan global berdasarkan tahap perkembangan siswa.

Kegiatan ini  telah berjalan dengan baik sesuai visi misi SMA Muhammadiyah 3 Yogyakarta dan dikelola oleh tim literasi sekolah yang terdiri dari gabungan guru-guru dan pustakawan. Perpustakaan sebagai pusat informasi memfasilitasi koleksi yang dimanfaatkan oleh siswa dalam melaksanakan program tersebut. Kegiatan dilakukan sesuai dengan jadwal yang telah ditentukan oleh tim literasi sekolah antara lain: pembuatan puisi dan esai, meresensi majalah/koran, menanggapi artikel, dll.

SMA Muhammadiyah 3 sesuai dengan visinya untuk membentuk kader Muhammadiyah yang berimtaq salah satu kegiatan literasi yang dilakukan ialah menulis kembali potongan ayat Al-Quran seperti yang dilakukan pada hari ini Senin 25 September 2023. Para siswa diminta menulis kembali potongan ayat yang berisi tentang ilmu pada selembar kertas buram yang telah dibagikan. Kegiatan dilakukan di ruang kelas juga di spot nyaman di halaman sekolah.