Pelaksanaan Olimpiade Sains Nasional (OSN) tingkat Kabupaten/Kota Yogyakarta tahun 2025 sukses dilaksanakan di SMA Muhammadiyah 3 Yogyakarta pada tanggal 24–25 Juni 2025. Kegiatan ini diikuti oleh 36 siswa dari kelas X dan XI yang berkompetisi dalam sembilan bidang lomba, yaitu Matematika, Informatika, Geografi, Biologi, Ekonomi, Astronomi, Kimia, Kebumian, dan Fisika. Pelaksanaan OSN tahun ini menggunakan sistem online secara penuh, mengikuti ketentuan resmi dari Pusat Prestasi Nasional. Selama dua hari pelaksanaan, seluruh rangkaian kegiatan berjalan dengan lancar dan tertib.
Pengawasan kegiatan dilakukan oleh Fajriati Astuti, M.Pd., dari SMA Muhammadiyah 7 Yogyakarta. Pihak sekolah juga menyiapkan fasilitas ruang laboratorium komputer dengan jaringan internet yang stabil untuk mendukung kelancaran kompetisi. Kegiatan OSN ini tidak hanya menjadi ajang seleksi, tetapi juga wadah untuk mengasah daya nalar, logika, dan kreativitas peserta didik dalam bidang sains.