Pelaksanaan pendampingan model kurikulum satuan pendidikan melalui perguruan tinggi tahap II dilaksanakan pada Senin-Selasa tanggal 6 -7 Juli 2026 di Aula SMA Muhammadiyah 3 Yogyakarta. Seperti halnya pendampingan tahap sebelumnya, hadir tim pendamping dari perguruan tinggi Universitas Ahmad Dahlan bapak Dr. Kasiyarno da Prof Dody Hartanto, M.Pd. Selain mendapatkan pendampingan dari UAD, hadir juga pendamping dari Majelis Dikdasmen dan PNF DIY bapak Ahmad Muhammad, M.Ag dan pihak Puskurjar ibu Eksa dan ibu Sinta.

Tujuan pendampingan tahap II adalah agar satuan pendidikan mampu menyusun KSP sesuai dengan pembelajaran mendalam dan KKA.
Pada hari pertama Senin, 6 Juli 2026 kegiatan pendampingan dimulai dengan penjelasan teknis pendampingan dan penyamaan persepsi tentang pengembangan KSP. Selain itu jugs dibahas terkait analisis hasil pendampingan tahap I serta identifikasi area penyempurnaan KSP. Dalam pembahasan ini juga disempurnakan terkait Visi Misi, tujuan pendidikan dan pengorganisasian pembelajaran. Tim sekolah model SMA Muhammadiyah 3 Yogyakarta juga bersama sama menyusun perencanaan pembelajaran ( intrakurikuler, kokurikuler dan ekstrakurikuler) agar selaras dengan KSP. 
Pada hari ke 2  Selasa, 7 Juli 2026 dilaksanakan review dan perencanaan pembelajaran serta sinkronisasi perencanaan pembelajaran dengan KSP. Agenda hari ke du diakhiri dengan finalisasi dokumen KSP serta tindak lanjut serta evaluasi pendampingan serta pembelian umpan balik.