Pengajian kelas adalah kegiatan yang dibangun oleh SMA Muhammadiyah 3 Yogyakarta untuk mempererat tali silaturahmi sekaligus  membangun kultur kehidupan Islami di SMA Muga.  Kegiatan ini dilaksanakan oleh setiap kelas  dan rutin dilaksanakan setiap bulan secara bergantian di rumah siswa.  Setiap kelas yang melaksanakan pengajian kelas  akan di damping oleh wali kelas masing - masing dan menghadirkan pemateri dari GTK Muga.  Materi yang disampaikan oleh pemateri sangat beragam biasanya  berupa materi penguatan keagamaan untuk memperkuat keimanan dan ketaqwaan siswa pada Allah SWT dan bisa juga materi lain seperti materi motivasi diri, disiplin atau materi lain yang menguatkan kepemimpinan murid. Menurut keterangan siswa dan juga  tanggapan dari orang tua siswa,  kegiatan pengajian kelas ini sangat bermanfaat  dan diharapkan terus dilakukan agar siswa bisa saling bekerjasama dan mengembangkan keterampilan berelasi satu dengan lain temasuk memperdalam  pemahaman agama yang baik. Selain itu yang paling diharapkan dari kegiatan ini adalah terbangunnya karakter yang baik dan  membina siswa untuk bertindak hidup sesuai Al Quran dan Hadist.