Dalam rangka meningkatkan rasa iman dan taqwa kepada Allah Subhanahu Wa Ta'ala serta memberikan pengalaman kepada peserta didik di bulan yang mulia dengan nuansa keagamaan, SMA Muhammadiyah 3 Yogyakarta melaksanakan kegiatan tahunan Pesantren Ramadan 1446 H. Tema kegiatan ini yaitu "Ramadan Semangat, Ibadah Meningkat". Kegiatan ini berlangsung dari hari Senin-Rabu, 3-5 Maret 2025 mulai pukul 07.00 WIB - 06.30 WIB. Pesantren Ramadan ini diikuti oleh 197 peserta didik dari kelas X maupun kelas XI dan XII yang tahun sebelumnya belum mengikuti. Pelaksanaan pesantren Ramadan dibagi menjadi 2 sesi, sesi Putra dan sesi Putri. Sesi Putra dikalsanakan hari Senin-Selasa, 3-4 Maret 2025. Sesi Putri dilaksanakan hari Selasa-Rabu, 4-5 Maret 2025. Materi-materi yang disajikan selama pesantren Ramadan 1446 H antara lain:

1. Fikih Ibada Muhammadiyah
2. Etika Pergaulan Remaja
3. Ideologi Muhammadiyah

Adapun pemateri yang didatangkan yaitu Bapak Dr. Arif Rahman, M.Pd.I, bapak Drs. Purwana, M.A., serta Ibu Dra. Hj. Misma Kasih, MA. 

Alhamdulillah kegiatan Pesantren Ramadan 1446 H SMA Muhammadiyah 3 Yogyakarta dapat berjalan dengan lancar.