SMA Muhammadiyah 3 Yogyakarta mengadakan pesantren Ramadhan untuk siswa kelas X dan XI secara virtual, walau diadakan secara virtual siswa dipantau langsung oleh wali siswa dan didampingi oleh musyrif dan musyrifah. agenda tersebut dilaksanakan pada tanggal 18-21 Maret 2022, agenda dari kegiatan Ramadhan terdiri dari pembiasaan ibadah, membuat kultum, Tahsin, dan mendengarkan kajian tarawih/subuh di masjid sekitar tempat tinggal masing-masing. Tujuan pesantren Ramadhan dilaksanakan adalah supaya siswa sma Muhammadiyah 3 dapat meningkatkan keimanan dan ketakwaan kepada Allah SWT serta memperkuat kepribadian dan memantapkan bermuhammadiyah bagi peserta didik. Agenda pesantren Ramadhan dapat berjalan dengan lancar.