SMA Muhammadiyah 3 Yogyakarta melulusan sebanyak 172 siswa di tahun 2024,  Kenaikan secara signifikan siswa yang diterima di perguruan tinggi pada tahun 2024 yaitu 53 siswa yang berhasil diteri di perguruan tinggi negeri yang tersebar di seluruh Indonesia dengan data sebagai berikut, UGM :13 Siswa , UNY:18 Siswa,  UIN YK: 7 Siswa,  UPN:5 Siswa,  POLTEKES:5 Siswa,  IPB: 2 Siswa,  UNS :1Siswa, UIN RADDEN LINTANG LAMPUNG:1Siswa,  UBB:1Siswa. Dari sekian banyak siswa masuk melalui jalur SNBP, SNBT dan Seleksi Mandiri.

Prestasi ini menjadi semangat baru adik kelas untuk  meraih perguruan tinggi melewati berbagai jalur, Selain itu prestasi ini juga merupakan salah satu keunggulan dari proses pendampingan yang berhasil mengantarkan siswa bisa meraih perguruan tinggi yang di cita-citakan.

Harapan nya lulusan tahun 2025 akan semakin banyak lagi siswa yang akan diterima di perguruan tinggi, dan menjadi daya Tarik tersendiri untuk penerimaan peserta didik tahun depan agar mendaftar di SMA Muhammadiyah 3 Yogyakarta.