Hari pertama masuk sekolah merupakan agenda yang dinantikan murid maupun guru. Setelah sekian lama tak berjumpa karena liburan akhir Ramadhan dan libur Hari Raya Idul Fitri 1447 H,tiba saatnya waktu pertemuan untuk mengadakan acara syawalan. Kegiatan Syawalan salah satu budaya yang berkembang di SMA Muhammadiyah 3 Yogyakarta. Syawalan merupakan bagian penting  disampaikan dalam bentuk ikrar syawalan untuk minta maaf dan saling memaafkan.

SMA Muhammadiyah 3 Yogyakarta pun mengadakan Syawalan pada hari pertama masuk sekolah (30/3). Syawalan dilaksanakan pagi hari di lapangan upacara kampus 3 SMA Muhammadiyah 3 Yogyakarta di ikuti oleh murid kelas  X, XI, XII dan guru serta tenaga kependidikan. Prosesi syawalan dimulai dengan apel pagi yang diisi amanat dari kepala sekolah dilanjutkan dengan ikrar syawalan, doa. Usai kegiatan apel seluruh peserta melaksanakan halal bi halal dengan berjabat tangan. Suasana kekeluargaan tampak dirasakan seluruh murid, guru dan karyawan. Pelaksanaan jabat tangan dilakukan siswa putra dengan GTK Putera dan siswi putri dengan GTK Puteri. Kegiatan berlangsung dengan hikmat dan penuh rasa haru karena kelas XII minta doa restu kepada semua GTK untuk menempuh ujian sekolah yang akan dimulai pada 31 Maret 2026.